세법

총설

• [과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 한 과세처분의 무효확인을 구하는 사건에서 과세처분이 위법하다고 본 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두34254 원고가 본사 소재지를 수도권 밖으로 이전하여 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제63조의2 제1항에 의하여 법인세를 감면받은 후, 본사 소재지를 다시 수도권으로 이전하자, 피고가 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항에 의하여 감면받은 법인세를 추징하기 위하여, 과세예고통지와 동시에 증액경정처분(‘이 사건 처분’)을 고지하였는데, 원고는 위 처분이 과세전적부심사청구를 받을 기회를 부당하게 침해하였고, 그 하자가 중대ㆍ명백하다고 주장하며 해당 처분의 무효확인을 구한 사안임. 원심은, 국세기본법 제81조의15 제2항에 따르면 과세예고통지를 받은 자는 30일 이내에 과세적부심사를 청구할 수 있음에도 피고는 과세예고통지와 이 사건 처분을 같은 날에 하였고, 원고는 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항에 따라 2017 사업연도 법인세 신고 시 당초 감면받은 세액을 납부하여야 하므로, 위 감면받은 세액에 관하여는 2017 사업연도 법인세 신고기한 다음날인 2018. 4. 1. 비로소 세금을 징수할 수 있는 사유가 발생하였고 이 날이 부과제척기간 기산일에 해당하는데, 이 사건 처분 당시(2022. 6. 21.) 5년의 부과제척기간 만료일 2023. 3. 31.로부터 3개월도 남지 않은 경우로 볼 수 없으므로, 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에서 정한 과세전적부심사를 생략할 수 있는 사유도 인정되지 않는다는 이유로, 피고의 처분은 원고의 과세전적부심사청구를 받을 기회를 부당하게 침해하였고, 그 하자가 중대ㆍ명백하여 무효라고 판단하였음. 대법원은 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는데도 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 해야 할 과세예고통지를 하지 않음으로써 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 한다는 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함
• [수사기관의 고발의뢰에 따라 이루어진 세무조사가 국세기본법상 재조사가 허용되는 예외적 사유에 해당하지 않아 위법함을 이유로 과세처분의 취소를 구하는 사건] https://casenote.kr/대법원/2023두38998 과세관청이 검찰의 고발의뢰에 따라 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’)를 실시하여, 변호사인 원고가 집단소송을 수행하고 수령한 거액의 성공보수를 축소신고 함으로써 조세를 탈루하였다고 보아 종합소득세 및 부가가치세를 증액경정하였는데, 원고가 2011년 귀속 종합소득세 및 부가가치세에 대하여는 2012년, 2014년 및 2017년경 3차례에 걸쳐 이미 세무조사가 이루어졌으므로 이 사건 세무조사가 위법한 중복세무조사에 해당한다고 주장하면서 종합소득세 및 부가가치세 부과처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 이 사건 세무조사가 3차례에 걸쳐 이루어진 원고에 대한 종전 세무조사와의 관계에서 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어진 것으로서 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 원칙적으로 금지되는 재조사에 해당하고, ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’ 또는 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사를 하는 경우’나 ‘｢조세범 처벌절차법｣ 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’ 등 피고가 주장하는 예외적인 재조사 허용사유가 존재하지 않으므로, 이 사건 세무조사에 기초한 과세처분이 위법하다고 판단하였음. 대법원은, 위와 같은 원심을 수긍하여 상고를 기각함
• [세법상 불확정개념에 관한 연구 - 가산세 면제요건인 정당한 사유를 중심으로] 이주윤(광운대 국제통상학부), 2025 연세법학회 하계 학술대회, 연세법학회, 2025. 8. 23.
• 가산세를 면할 정당한 사유의 존부 판단 시점이 문제된 사건

상속증여세법

• [주주의 특수관계인이 회사에 무상으로 대여한 금전채권의 소멸시효가 완성된 이후 시기의 적정 이자 상당액을 증여이익으로 의제하여 증여세를 과세한 사건에서 권리가 당연히 소멸하였으므로 증여세 과세를 할 수 없다고 판단한 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두34494 특정법인 지배주주의 특수관계인이 특정법인에 금전을 무상으로 대여한 것에 대하여 피고가 상증세법 제45조의5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제) 및 제41조의4(금전 무상대출 등에 따른 이익의 증여)를 근거로 적정 이자 상당액이 ‘특정법인의 이익’에 해당한다고 전제한 다음, 그 이익에 특정법인의 지배주주인 원고가 보유하는 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 원고가 증여받은 것으로 의제하여 증여세를 부과하자, 원고가 특수관계인의 특정법인에 대한 대여금 채권의 소멸시효가 완성된 이후의 이자 상당액은 특정법인의 이익에 해당한다고 볼 수 없다며 그에 관한 부분은 증여세 과세대상이 아니라고 다투는 사안임. 원심은, 특수관계인의 특정법인에 대한 대여금 채권의 소멸시효가 완성된 시점 이후에도 여전히 대여금 채권이 존재함을 전제로 ‘특정법인의 이익’을 산정하여 이를 전제로 원고에게 증여세를 과세한 이 사건 각 처분을 위법하다고 판단하였음. 대법원은 타인으로부터 금전을 무상으로 대출받은 경우 그 금전을 대출받은 날 ‘대출금액에 적정 이자율을 곱하여 계산한 금액(특정법인의 이익)’에 특정법인 주주의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 특정법인의 주주가 증여받은 것으로 보게 되지만, 이는 특정법인 주주의 특수관계인이 특정법인에 대하여 대출금 채권을 보유하고 있음을 전제로 한다. 그런데 소멸시효기간이 만료되면 소멸시효 중단 등 특별한 사정이 없는 한 권리는 당연히 소멸하므로, 특정법인 주주의 특수관계인이 특정법인에 대한 채권에 관하여 소멸시효 중단을 위한 조치를 취하지 아니함으로써 그 채권의 소멸시효가 완성되었다면, 시효 완성 이전에 이미 증여의제 효과가 발생한 특정법인의 이익에 대해서는 여전히 특정법인 주주의 주식보유비율에 해당하는 금액을 그 주주가 증여받은 것으로 보게 되지만, 시효 완성 후에는 해당 채권의 존속을 전제로 하는 ‘특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제’ 요건이 충족되지 않아 그에 따른 증여세 과세를 할 수 없다고 보아야 한다는 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함
• [부과과세방식의 증여세 신고ㆍ납부를 하였음에도 과세관청이 증여세 과세표준 및 세액 결정ㆍ통지를 하지 않은 증여세 부분에 관하여 부작위위법확인 등을 청구한 사건에서 행정처분의 근거 법률에 의하여 보호되는 직접적이고 구체적인 이익이 있는 경우이므로 행정소송법 제35조에 규정된 ‘무효 등 확인을 구할 법률상 이익’이 있다고 판단한 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두33652 대상 회사의 대주주인 원고가 지분율을 초과하여 신주인수권증권을 인수함으로써 얻은 인수이익 및 이후 4차례에 걸쳐 나누어 주식으로 전환하여 얻은 전환이익에 대하여 각 증여세를 신고ㆍ납부하였는데, 그중 일부에 대하여는 증여세 부과처분이 이루어졌으나 나머지에 대하여는 별도의 증여세 과세표준 및 세액 결정ㆍ통지가 이루어지지 않았음. 위 증여세 부과처분에 대한 취소소송인 선행 판결에서 해당 증여세가 과세대상이 아니라는 이유로 해당 증여세 부과처분에 대한 취소 판결이 선고ㆍ확정되자, 원고는 증여세 신고ㆍ납부를 하였음에도 과세관청이 증여세 과세표준 및 세액 결정ㆍ통지를 하지 않은 증여세 부분에 관하여 주위적으로 부작위위법확인을, 예비적으로 증여세 과세표준 및 세액 결정ㆍ통지의 부존재확인을 구한 사안임. 원심은, 부작위위법확인을 구하는 주위적 청구 부분이 소의 이익이 있는지와 관련하여, 원고의 신고에 대하여 부과제척기간이 경과하는 등 증여세 과세표준 및 세액 결정을 하지 아니한 피고의 부작위가 위법하다는 확인을 받더라도 이로써 원고가 종국적으로 피고로부터 방해받은 권리와 이익을 구제받기는 불가능하게 되어 그 부작위위법확인을 구할 소의 이익이 상실되었다고 보았고, 피고의 증여세 과세표준 및 세액 결정의 통지가 존재하지 아니한다는 확인을 구하는 원고의 예비적 청구에 대해서도, 무효확인소송에 대해 인정되는 보충성 요건이 불필요하다고 본 대법원 2008. 3. 20. 선고 2007두6342 전원합의체 판결의 법리가 처분부존재확인소송에는 그대로 적용되기 어렵다는 등의 이유로 소의 이익이 없어 부적법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 증여세 신고ㆍ납부를 하였음에도 과세관청이 증여세 과세표준 및 세액 결정ㆍ통지를 하지 않은 증여세 부분에 관하여, 원고는 증여세 과세표준 및 세액 결정ㆍ통지가 존재하지 아니한다는 확인을 구할 법률상 이익이 있고, 나아가 처분부존재확인소송에 보충성을 요구하지 않는 이상, 원고가 설령 나중에 별도의 민사소송으로 위 세액 상당의 환급금에 관하여 부당이득반환을 구할 수 있다고 해서 소의 이익 유무를 달리 볼 것은 아니라는 이유로, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ자판함
• [특수관계인에 대하여 저가 양도된 비상장법인 발행 자기주식의 시가 산정에 있어서 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법의 적용이 문제된 사건] https://casenote.kr/대법원/2025두33647 피고들은, 비상장법인인 원고가 원고 사주 일가에 일시 보유 목적으로 원고가 보유한 자기주식을 저가로 양도한 것이 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 보아 원고에게 법인세를 부과하고 상여ㆍ배당ㆍ기타소득으로 소득처분을 하면서 원고 사주 일가에 소득금액변동통지를 한 사안으로, 해당 자기주식의 시가 산정과 관련하여, 상증세법 시행령 제54조 제1항 단서에서 정한 요건(제54조 제1항 본문에 따라 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 낮은 경우)이 충족되는 경우 원고 발행 주식의 1주당 평가액을 산정하는 방법이 쟁점이 되었음. 원심은, 원고 발행 자기주식 양도 당시 1주당 순손익액이 0원이므로, 상증세법 시행령 제54조 제1항 본문에 따른 평가액이 제1항 단서에 따른 평가액보다 낮음이 명백하고, 따라서 원고 발행 주식의 1주당 평가액은 상증세법 시행령 제54조 제1항 단서에 따라 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액으로 산출하여야 하는데, 1주당 순자산가치는 상증세법 시행령 제54조 제2항에 따라 ’당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수’의 산식에 의하여야 하므로, 결국 원고 발행 자기주식의 1주당 평가액(X)은 ‘X = {자기주식 외 순자산가액 + (자기주식수 × X)} ÷ 발행주식총수 × 80%의 산식’에 따라 산출되어야 한다는 이유에서, 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함
• [직계존속으로부터 주택을 증여받으면서 임대차보증금반환채무를 인수한 것이 유상취득에 해당하는지 아파트의 취득 시점을 기준으로 원고가 위 채무를 변제하기에 충분한 소득이나 재산을 갖추고 있었는지를 심리해야 한다고 판단한 사례] https://casenote.kr/대법원/2024두67238 원고가 부친으로부터 아파트를 증여받으면서 기존 임차인에 대한 보증금반환채무를 인수하고 위 아파트 전부를 무상취득하였음을 전제로 취득세를 신고ㆍ납부하였는데, 그 후 위 보증금반환채무액 상당 부분은 유상취득세율이 적용되어야 한다고 주장하며 이미 신고ㆍ납부한 취득세 등의 차액을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였으나 피고가 이를 거부하자, 피고를 상대로 위 거부처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 부담부증여 당시 원고에게 인수한 보증금반환채무를 변제하기에 충분한 소득이나 재산이 없었다고 하더라도 원고는 새로운 임차인으로부터 받을 보증금으로 이를 변제할 수 있었으므로, 지방세법 제7조 제12항 단서, 제11항 단서 제4호 라목에 따라 위 보증금반환채무액 상당 부분을 유상취득한 것으로 보아야 한다는 이유로, 피고의 거부처분이 위법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원고가 인수한 보증금반환채무를 변제할 자력이 있었는지를 판단할 때 원고가 증여받은 아파트 및 그에 관하여 장래에 수령할 임대차보증금까지 원고가 이미 소유하고 있던 재산인 것처럼 보아서는 아니 되고, 아파트의 취득 시점을 기준으로 원고가 위 채무를 변제하기에 충분한 소득이나 재산을 갖추고 있었는지를 심리하였어야 한다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
• 전환사채 등을 인수⋅취득한 자가 발행 법인 최대주주의 특수관계인으로서 발행 법인의 주주가 아닐 것을 요구하는 등 과세대상과 과세범위를 한정함으로써 증여세 과세의 범위와 한계를 설정한 것으로 본 사례 https://casenote.kr/대법원/2020두53224
• 시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다. 이러한 법리는 부당행위계산부인 규정을 적용하면서 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 당해 법인의 자산을 평가하는 경우에도 마찬가지로 적용된다. https://casenote.kr/대법원/2020두54265

부가가치세법

• [온라인 숙박예약 플랫폼에서 이용객들에게 할인쿠폰 등을 발행하거나 포인트를 적립해 주고, 향후 이용객이 제휴점의 숙박상품을 예약하면서 이를 사용할 경우 제휴점으로부터 지급받아야 하는 이 사건 용역수수료에서 할인 상당액을 공제해 준 것이 에누리액으로 인정된 사례] https://casenote.kr/대법원/2023두34644 원고는 온라인 숙박예약 플랫폼을 운영하는 사업자로서, 제휴점과 이용객 사이의 숙박계약을 중개하고, 제휴점으로부터 총 판매대금의 일정비율을 예약대행수수료(이하 ‘이 사건 용역수수료’)로 지급받는 내용의 계약을 체결하였음. 원고는 이용객들에게 할인쿠폰 등을 발행하거나 포인트를 적립해 주고, 향후 이용객이 제휴점의 숙박상품을 예약하면서 이를 사용할 경우 제휴점으로부터 지급받아야 하는 이 사건 용역수수료에서 할인 상당액을 공제해주었음. 원고는 이와 같이 공제를 마친 뒤 일별 정산금액을 산정하여 4영업일 후에 제휴점에 송금하였음. 원고는 피고에게 이 사건 용역수수료에서 공제된 할인 상당액이 매출에누리에 해당한다고 주장하며 이를 공급가액에서 차감하여 부가가치세를 감액해 달라는 경정청구를 하였고, 피고는 각 개별 숙박계약 건별로 계산한 수수료를 한도로 하여 해당 수수료에서 공제된 할인액만을 매출에누리로 인정하였음. 이후 원고는 각 개별 숙박계약 건별로 계산한 수수료를 초과하여 발생한 할인액(이하 ‘이 사건 초과할인액’)도 매출에누리에 해당한다고 주장하면서 부가가치세를 감액해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 경정을 거부하였고(이하 ‘이 사건 거부처분’), 이에 원고가 그 처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 원고가 제휴점에 공급하는 용역의 단위가 각 숙박계약의 중개행위라는 전제에서 이 사건 초과할인액이 에누리액이 아닌 장려금에 해당하여 이 사건 거부처분이 적법하다고 판단하였음. 대법원은, 원고와 제휴점은 제휴점과 이용객 사이의 숙박계약과 구별되는 계약을 독립적으로 체결하였고, 그 계약에서 제휴점과 이용객의 개별 숙박계약에서 발생한 초과할인금을 가지고 원고와 제휴점 사이에 어떤 거래를 대상으로 어떻게 정산할 것인지 등은 원고와 제휴점의 자율적인 의사에 따라 정해진 점, 해당 정산기간 동안 총 판매대금을 기준으로 계산한 이 사건 용역수수료에서 같은 기간 동안의 숙박상품 할인액을 일괄 공제한 다음 그 잔액을 정산ㆍ지급하기로 원고와 제휴점 사이에 의사의 합치가 있었고, 그에 따라 이 사건 용역수수료에서 할인 상당액이 직접 차감되었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 사건 용역수수료에서 실제로 공제된 할인 상당액은 해당 정산기간 동안의 총 수수료를 상한으로 하여 통상의 공급가액에서 직접 공제ㆍ차감되어야 할 에누리액에 해당한다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
• [이동통신서비스 의무사용약정을 체결하면서 단말기 구입 보조금을 지원받은 이용자가 의무사용약정을 중도 해지하면서 통신회사인 원고에게 지급한 위약금이 부가가치세 과세표준인 단말기 공급가액에 포함되는지 여부가 문제된 사건] https://casenote.kr/대법원/2022두49984 1. 원고와 위탁대리점 계약을 체결한 대리점 사업자가 이용자에게 판매한 단말기(이하 ‘원고 공급 단말기’)의 경우 의무사용약정을 중도 해지한 이용자가 원고에게 지급한 위약금이 단말기 공급대가로서 부가가치세 과세표준이 되는 공급가액에 포함되는지 여부(적극) 2. 대리점 사업자가 원고를 거치지 않고 단말기 제조사(단말기 유통회사 포함)로부터 직접 매입한 단말기(이하 ‘제조사 유통 단말기’)의 경우 의무사용약정을 중도 해지한 이용자가 원고에게 지급한 위약금이 단말기 공급대가로서 부가가치세 과세표준이 되는 공급가액에 포함되는지 여부(소극)
• 어떠한 거래에 대하여 영세율 적용 여부의 다툼이 있는 경우 영세율 적용요건에 관한 증명책임은 영세율 적용을 주장하는 자에게 있다. https://casenote.kr/대법원/2023두58701

법인세법

• [채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권에 대한 대손세액공제를 구하는 청구가 인용된 사례] https://casenote.kr/대법원/2024두60435 건설회사인 원고는 시행사인 A 회사에 대한 1,030억 원의 공사대금채권이 있는 상태에서 선행대출 상환 등을 위해 A 회사에 490억 원을 대여하고, 공사대금채권보다 위 대여금 채권에 먼저 변제충당하기로 약정하였으며, 그 후 실제로 A 회사로부터 지급받은 484억 원을 위 약정에 따라 대여금 채권의 변제에 우선 충당하였음. 그 후 A 회사는 분양수입금액으로 대출 원리금 상환이 어렵다는 등의 이유로 파산선고를 받았는데, 원고가 위 공사대금을 법인세법상 대손금으로 손금 산입하는 한편, 위 공사대금채권이 부가가치세법 제45조의 ‘채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권’에 해당한다고 주장하며 관련 부가가치세(77억 원)에 관한 대손세액공제를 해달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 ‘A 회사가 상환한 484억 원은 공사대금의 일부 변제에 충당된 것으로 보아야 한다’는 이유로 일부 변제충당 이후 잔존하였을 공사대금에 관한 부가가치세(43.5억 원)만 대손세액공제 대상으로 인정하고, 나머지 부가가치세(33.7억 원)에 대한 경정청구를 거부하였음. 이에 원고가 그 처분의 취소를 청구함. 원심은, 법인세법상 대손금 손금산입 사유와 부가가치세법상 대손세액 공제사유는 서로 동일하지 않음을 전제로 채무자가 파산에 이르게 되었더라도 부가가치세의 발생 원인이 된 채권이 과연 ‘회수할 수 없는’ 상태가 되었는지 여부는, 채무자의 자산상황 및 지급능력, 구체적 거래 내용과 함께 공급받은 자(채무자)가 파산에 이르는 과정에서 공급하는 자(채권자)에게 해당 매출채권에 관한 사실상의 지출을 할 수 있었는지, 이로써 공급하는 자에게 채권회수불능에 대한 회피가능성이 있었는지 등을 종합하여 사회통념에 따라 객관적ㆍ규범적으로 판단해야 하는데, 원고가 A 회사로부터 지급받은 484억 원을 공사대금 채권에 우선하여 대여금 채권의 변제에 충당함으로써 공사대금 채권의 회수를 원고 스스로 포기한 것에 해당하여 원고가 위 공사대금 채권을 회수할 가능성 및 그 채권의 회수 불능이라는 결과를 회피할 수 있는 가능성이 없었다고 볼 수 없다는 등의 이유로 원고의 청구를 배척하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, A 회사에 파산선고가 이루어짐으로써 원고가 A 회사에 대하여 가진 공사대금 채권의 회수가 불가능한 것으로 확정된 이상, 파산 이전에 원고가 A 회사로부터 받은 금원을 위 공사대금 채권이 아닌 대여금 채권의 변제에 충당하였다는 사정만으로 원고가 위 공사대금 채권을 임의로 포기한 것으로 보아 부가가치세법 제45조에 따른 대손세액 공제가 허용되지 않는다고 볼 수 없다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
• [국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하면서 발생한 소득의 법인세 과세대상 해당 여부와 과세표준 증명책임 등이 문제된 사건] 홍콩등록법인인 원고가 과세연도에 따라 국내사업장을 가진 외국법인(2006 사업연도) 또는 국내에 실질적 관리장소를 두고 자동차해상운송사업과 용대선사업을 하는 내국법인(2007~2009 사업연도)에 해당한다고 보아, 피고들이 원고에게 법인세(가산세 포함), 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세, 법인세할 주민세 등을 부과⋅고지하자, 원고는 피고들을 상대로 그 각 처분의 취소를 청구함. 환송 후 원심은 ➀ 2006 사업연도 법인세 및 가산세와 관련하여, 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익이 원고가 영위하는 자동차해상운송사업 등에서 발생한 사실을 인정하면서, 그 매출수익은 모두 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목의 국내원천 기타소득에 해당한다는 취지로 판단하였고, ➁ 선박의 외국항행소득에 대한 증명책임이 원고에게 있다는 전제에서 원고가 이를 증명하지 못한 이상 위 매출수익에서 선박의 외국항행소득을 공제할 수 없다고 보아 소득공제를 인정하지 않은 피고 과세관청의 조치가 적법하다고 판단하였으며, ➂ 2006년 제1기분 부가가치세 신고불성실가산세와 관련하여, 원고에게 영세율 신고의무가 없는 2006 사업연도의 국외 선적 화물운송에 관한 매출의 존재와 범위에 관하여도 원고가 증명하여야 한다고 보아, 원고가 아무런 자료를 제출하지 않았다는 이유로 피고 1이 원고의 손익계산서상 매출액 전체를 영세율 신고대상 매출로 보고 가산세를 산출한 것은 적법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, ① 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익이 오로지 화물의 국내 선적과 관련하여 발생한 소득으로 구성되었다는 점에 대하여 과세관청의 아무런 주장⋅증명이 없는 이상, 위 매출수익 전부가 국내원천소득에 해당한다고 보기 어렵고, ➁ 국외에서 화물을 선적하였는지를 불문하고 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익 전부가 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목의 국내원천 기타소득으로서 법인세 과세대상이 되고 ‘선박의 외국항행소득’에 관한 증명책임이 원고에게 있다는 잘못된 전제에서, 원고의 위 매출수익 중 선박의 외국항행으로 인하여 발생한 소득은 구 법인세법 제91조 제1항 제3호에 따라 법인세 과세표준에서 공제되어야 한다는 원고의 주장을 배척한 환송 후 원심판단에 국내원천소득의 구분과 총합계액 산정 등에 관한 법리오해의 잘못이 있으며, ➂ 피고 1이 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 전부가 영세율 신고대상이라고만 주장할 뿐, 위 손익계산서상 매출액 전부가 화물의 국내 선적과 관련한 매출액이라는 점에 대한 자료를 제출하지 않았다는 이유로, 환송 후 원심이 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 중 영세율 신고의무가 없는 화물의 국외 선적 관련 매출액의 존재와 범위에 대하여 원고에게 그 증명의 필요가 돌아간다고 판단한 부분에 법리오해의 잘못이 있다고 판단하여 환송 후 원심을 일부 파기․환송함 https://casenote.kr/대법원/2022두51031
• [법인세법상 자산의 취득가액에 관한 조세심판원 재조사 결정의 기속력이 문제된 사건] 주택재개발정비사업조합인 원고는 관할관청으로부터 2006. 6. 28. 사업시행계획인가를, 2007. 12. 27. 관리처분계획인가를 각 받고 2013. 12. 경 준공인가를 받았음. 이후 원고는 2014. 3. 31. 피고에게 2013 사업연도 법인세를 신고･납부하면서 조합원들이 현물출자한 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 자산’)의 취득가액을 ‘사업시행계획인가일’을 기준으로 감정평가한 가액으로 하여 손금에 산입하였으나, 2019. 4. 1. 피고에게 이 사건 자산의 취득가액을 ‘관리처분계획인가일’을 기준으로 감정평가한 가액으로 보아야 한다고 주장하면서 2013 사업연도 법인세의 감액경정을 청구하였음. 피고는 2019. 6. 3. ‘원고가 경정청구 시 제출한 감정가액은 객관성･합리성이 결여된 소급감정가액에 해당한다’는 이유로 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 경정거부처분’)하였고, 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였음. 조세심판원은 2020. 5. 15. 위 두 감정가액 모두 이 사건 자산의 취득 당시의 시가로 볼 수 없다고 판단하면서, ‘이 사건 경정거부처분은 이 사건 자산의 취득가액을 ‘관리처분계획인가일’ 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다’는 주문의 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’)을 하였음. 부산지방국세청장은 2020. 7. 9. ‘이 사건 재조사 결정에 따른 처리결과 이 사건 자산에 관한 객관적･합리적인 감정평가액이 존재하지 않으므로, ｢상속세 및 증여세법｣에 따른 보충적 평가방법을 적용해야 하나, 이 경우 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액보다 원고에게 불리하므로 불이익변경금지 원칙에 따라 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한다’는 취지의 통지(이하 ‘이 사건 처리결과통지’)를 하였음. 이에 원고는 피고를 상대로 이 사건 경정거부처분에 대하여 취소를 청구함. 원심은, ‘이 사건 자산에 관하여 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이 없더라도 공신력 있는 감정기관에 의한 시가의 산정이 가능한 경우에는 감정평가를 하여야 하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 감액경정하라’는 것이 이 사건 재조사 결정의 취지라고 전제한 다음, 피고가 이 사건 자산에 관한 감정평가를 하지 않은 채 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한 것은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하다고 판단하였음. 대법원은 ① 이 사건 재조사 결정은 그 주문에서 시가 재조사만을 명하였을 뿐 재조사 방법을 감정평가로 제한하지 않았고, 부산지방국세청장이 그 취지에 따라 재조사를 한 점, ② 부산지방국세청장 등에게 이 사건 자산의 취득가액을 산정하기 위하여 새롭게 감정평가를 의뢰하여야 할 의무가 있다고 볼 수는 없는 점, ③ 구 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지 원칙이 적용된 결과, 원고에게 불리한 증액경정이 허용되지 않는다고 하여 이 사건 재조사 결정에서 말하는 세액의 경정이 ‘감액경정’만을 의미한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 피고가 이 사건 자산에 관한 감정평가를 하지 않은 채 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한 것이 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되지 않는다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기‧환송함 https://casenote.kr/대법원/2022두60745
• 원고가 그 부친이 실질적으로 지배·경영한 회사들로부터 상표권 사용료 명목으로 돈을 인출하여 횡령한 것과 관련하여 소득처분(기타소득)에 의해 소득세 납세의무가 성립하였는데, 관련 형사재판 진행 중 그 횡령금 상당액을 피해 회사들에 지급한 후 대법원 2014두5514 전원합의체 판결(뇌물 등 위법소득에 있어 몰수·추징이 후발적 경정청구사유가 된다고 본 판결)의 법리를 원용하여 그러한 횡령금 상당액의 지급이 소득세 납세의무에 관한 후발적 경정청구사유가 된다고 주장하면서 피고를 상대로 종합소득세부과처분의 취소를 청구한 사안에서, 실질적 경영자가 가담하여 사외유출한 횡령금의 경우 피해법인이 자발적으로 그 반환을 구할 가능성을 상정하기 어려워 그 소득에 경제적 이익의 상실가능성이 내재되어 있다고 단정할 수 없는 점 등을 사유로 횡령금 상당액의 지급이 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다고 본 사례 https://casenote.kr/대법원/2021두35346   
• 세무서장이 원고가 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 이 사건 신주인수권부사채를 인수하고 그 신주인수권을 행사하여 주식으로 전환함으로써 특수관계인으로부터 이익을 분여받았다고 보아, 이 사건 규정에 따라 원고에게 2014 사업연도 법인세를 증액경정ㆍ고지하고, 2013 사업연도 법인세 과세표준의 결손금을 감액경정하는 처분을 하자, 원고는 피고를 상대로 그 처분의 취소를 청구한 사안에서, 원심은, 이익 분여자가 법인 주주인 경우에만 이 사건 규정이 적용된다는 전제에서, 특수관계인인 개인 주주들로부터 분여받은 이익은 이 사건 규정의 적용대상이 아니라고 판단하였는데, 대법원은 '자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익'이라는 규정을 보면 수익의 하나로 규정하면서 이익을 분여한 ‘특수관계인’을 ‘주주 등인 법인’과 같이 법인 주주로 한정하고 있지 않는 등의 이유로 이 사건 규정에서 말하는 ‘특수관계인’에는 법인 주주뿐만 아니라 개인 주주도 포함한다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기·환송함 https://casenote.kr/대법원/2023두39809

2차 납세의무

• [체납법인의 법인세 납세의무 성립 당시 회생절차 진행 중에 있어 보유주식에 기하여 경영상의 영향력을 행사할 수 없었던 과점주주에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 체납법인세 납부 고지는 위법하다고 본 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두33121 원고는 A 회사의 지분 100%를 보유한 법인으로 2019. 3. 18. 회생절차개시결정을 받았고 회생계획인가결정이 내려지지 아니한 상황에서 2020. 3. 11. 회생절차폐지결정을 받았는데, A 회사가 2019 사업연도 법인세를 체납하자, 피고는 2023. 7. 31. 원고가 체납법인의 과점주주라는 이유로 원고를 체납법인의 체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고, 체납법인세를 납부하도록 고지하였고(이하 ‘이 사건 처분’), 이에 원고가 그 처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 체납법인의 법인세 납세의무의 성립일인 2019. 12. 31.을 기준으로 원고는 회생절차개시결정을 받아 회생절차가 진행 중이었고, 이로 인해 원고는 체납법인에 대해 그 보유주식에 기하여 경영상의 영향력을 행사할 수 없었다는 등의 이유로, 원고는 체납법인의 2019 사업연도 법인세에 대하여 제2차 납세의무를 지는 과점주주에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함
• [과세예고통지가 흠결된 절차상 하자를 이유로 제2차 납세의무 부과처분의 무효 확인을 구하였으나 절차적 위법이 없다고 판단한 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두32185 피고는 원고들이 체납법인의 과점주주로서 제2차 납세의무자에 해당함을 이유로 원고들에게 체납법인이 체납한 법인세를 부과하였고(이하 ‘이 사건 처분’), 원고들은 제2차 납세의무자에 대한 납부고지에 앞서서도 과세예고통지가 이루어져야 하는데, 이러한 절차 없이 이루어진 이 사건 처분에는 중대한 절차적 하자가 존재하여 위법하다고 주장하면서 이 사건 처분의 무효 확인을 청구한 사안임. 원심은, 피고가 제2차 납세의무자인 원고들에게 과세예고통지 없이 이 사건 처분을 하였더라도 절차적 위법이 없다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함

취득세 및 등록세

• [주택재건축정비사업조합이 철거 후 재건축하기 위해 취득한 아파트에 대하여 지방세법상 주택 유상거래 취득세율 특례가 적용되는지 문제된 사건에서 부동산등기법에 따른 등기부에 주택으로 기재되고, 건축물의 용도가 주거용으로 사용하는 건축물과 그 부속토지는 주택이므로 그에 따른 특례세율을 적용해야 한다고 본 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두33911 주택재건축정비사업조합인 원고가 조합원이었던 소외인 소유 아파트(이하 ‘이 사건 부동산’)를 유상취득하고 구 지방세법 제11조 제1항 제7호 (나)목의 세율(4%)을 적용하여 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다가, 이 사건 부동산이 주택에 해당하므로 그 취득에 대하여 같은 법 제11조 제1항 제8호의 주택 유상거래 특례세율(3%)이 적용되어야 한다고 주장하며 경정청구를 하였으나 피고가 이를 거부하자, 해당 처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 원고의 취득 당시 이 사건 부동산은 주택으로서의 구조와 시설이 대체로 남아 있어 주택의 기능을 본질적으로 상실한 것으로 평가할 수 없으므로 구 지방세법 제11조 제1항 제8호의 ‘주택’에 해당하고, 당시 이미 재건축을 위한 단수 조치가 취해졌고 거주자 역시 다른 곳으로 이주하였으며 조만간 철거가 예정된 상태였다 하더라도 마찬가지이며, 정비사업지구 내의 멸실 예정 주택에 관하여 2018. 1. 1.을 기준으로 취득일이 그 전인 경우에는 단전ㆍ단수나 이주 여부 등을 중심으로 주택에 해당하는지 여부를 살펴야 한다는 행정안전부의 유권해석은 대외적으로 법원을 기속하는 법규적 효력이 없다는 이유로, 피고의 거부처분은 위법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함
• [현물출자의 이행으로 취득한 부동산에 부과된 취득세 부과의 기준인 취득행위는 주식인수일이 아닌 설립등기일에 있었다고 본 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두33508 원고는 부동산 임대업 등을 목적으로 2020. 8. 12. 설립된 주식회사임. 이 사건 부동산의 현물출자자이자 발기인인 甲은 2020. 4. 14. 원고의 보통주식을 인수함. 원고는 이 사건 부동산이 구 지방세특례제한법(2020. 8. 12. 법률 제17474호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세특례제한법’) 제57조의2 제4항에 따른 현물출자에 의해 취득하는 사업용 고정자산에 해당한다고 보아 75%가 경감된 취득세를 신고ㆍ납부하였으나, 피고는 원고가 이 사건 부동산을 원고의 설립등기일인 2020. 8. 12.에 취득하였음을 전제로, 부동산 임대 및 공급업과 관련된 사업용 고정자산을 취득세 경감 대상에서 배제하도록 한 구 지방세특례제한법(2020. 8. 12. 법률 제17474호로 개정되고 같은 날 시행된 후 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 지방세특례제한법’) 제57조의2 제4항 괄호 부분이 적용된다고 보아, 원고에게 과소신고ㆍ납부된 취득세 등을 부과하였고, 원고가 그 처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 원고의 설립등기가 마쳐지기 전인 2020. 4. 14. 원고의 보통주식이 甲에게 교부됨으로써 이 사건 부동산 현물출자에 따른 대가가 지급되었으므로, 甲이 원고의 보통주식을 인수한 2020. 4. 14.에 이 사건 부동산에 대한 사용ㆍ수익ㆍ처분권이 이전되는 행위, 즉 ’사실상 취득행위‘가 있었다고 보아, 개정 전 지방세특례제한법 제57조의2 제4항의 취득세 감면규정이 적용되어야 한다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 甲이 발기인으로서 2020. 4. 14. 원고의 보통주식을 교부받았다는 것만으로 원고가 현물출자를 받기로 한 이 사건 부동산에 관하여 반대급부가 전부 이행되었다고 할 수 없고, 甲이 원고에 대한 주주 지위를 얻게 되는 원고의 설립등기일인 2020. 8. 12.에야 비로소 원고가 이 사건 부동산을 현물출자로 취득하는 데 대한 반대급부의 이행이 이루어져, 그때 이 사건 부동산의 사실상 취득에 따른 취득세 납세의무가 성립한다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
• [유언대용신탁의 수익권으로 부동산 처분대금에 관한 분배권을 취득한 것은 지방세법상 부동산 취득세 과세 대상이 아니라고 본 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두33790 원고의 고모인 망인이 부동산인 아파트 등에 관하여 수탁자인 은행과 사이에 망인을 생전수익자, 망인의 사망 후 원고 등을 사후1차수익자로 지정하는 내용의 신탁계약을 체결하면서, 망인의 사망 후 원고 등이 취득할 수익권의 범위를 이 사건 아파트의 처분대금에서 세금 등 비용을 공제한 금액으로 정하였음. 이후 망인이 사망하자 수탁자는 신탁계약에 따라 이 사건 아파트를 제3자에게 매각하고 제3자 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었음. 이에 과세관청인 피고가 망인의 상속인인 원고 등이 이 사건 아파트를 상속하였다고 보아 지방세법 제7조 제7항에 따른 취득세를 부과하였고, 원고가 그 처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 원고 등이 이 사건 신탁계약에 따라 사후1수익권자로서 수탁자에게 신탁등기가 마쳐졌던 이 사건 아파트의 처분대금에 관한 수익권을 취득하였을지라도, 이와 같은 신탁수익권은 지방세법 제7조 제1항에 열거된 취득세 과세물건에 해당하지 않을 뿐만 아니라 이들은 이 사건 아파트에 관하여 소유권은 물론 소유권이전등기청구권도 취득하지 않았고 망인의 사망으로 인하여 등기 없이 곧바로 그 소유권을 취득할 수도 없어 이 사건 아파트를 사실상 취득한 것으로도 볼 수 없다고 보아 이 사건 처분을 위법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 수익권이 수탁자에 대해 신탁재산인 부동산에 관한 소유권이전등기를 청구할 수 있는 권리와 같이 수익자가 수익권의 행사를 통해 신탁재산 원본인 부동산을 취득할 수 있는 내용이라면 수익자는 취득세 과세대상 물건에 속하는 부동산을 취득하였다고 볼 수 있지만, 수익자가 가진 수익권의 내용이 신탁재산의 처분대금 등과 같은 금전의 지급을 청구할 수 있는 권리에 불과하다면 수익자가 신탁재산인 부동산을 취득하였다고 볼 수 없다고 보아, 원심을 수긍하여 상고를 기각함
• [인가된 회생계획에 따른 출자전환으로 인한 자본증가 등기가 등록면허세 과세대상에 해당한다고 본 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두33456 원고는 인가된 회생계획에 따라 채무를 출자전환하고 발행된 신주 전부를 즉시 무상소각하였는데, 그 과정에서 출자전환에 따른 자본증가 등기가 법원의 촉탁으로 이루어졌고, 이후 회생절차가 종결되었음. 이에 피고는 원고에게 출자전환에 따른 자본증가 등기를 과세대상으로 보아 등록면허세 및 지방교육세를 부과하였고(이하 ‘이 사건 처분’), 원고가 그 처분의 취소를 청구함. 원심은, 이 사건 출자전환으로 발행된 신주 전부가 그 발행 당시 이미 인가되어 있었던 회생계획에 따라 실제로 모두 소각된 이상, 이 사건 출자전환에 따른 자본증가 등기로 인하여 원고에게 어떠한 재산권 변동이 이루어졌다고 볼 수 없다는 이유에서, 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 반하여 위법하다고 판단하였음. 대법원은 이 사건 출자전환에 따른 자본증가와 관련하여 원고에게 아무런 재산권의 변동이 없었다고 볼 수 없고, 자본증가의 등기가 경료됨으로써 과세요건을 충족하게 된 등록면허세 납세의무가, 그 성립 이후의 별개 사정에 불과한 무상 소각으로 말미암아 사후적으로 소멸하였다고 보기도 어렵다는 이유로, 이와 달리 판단한 원심을 파기·환송함
• 교육사업에 직접 사용하기 위해 취득하였다는 사유로 구 지방세법 제107조 등에 따라 취득세⋅등록세 등이 비과세⋅면제되었으나, 원고가 이 사건 부동산을 취득일부터 3년의 법정 유예기간 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않았다는 이유로 과세관청이 취득세⋅등록세 등의 납부통보를 한 사안에서 취득일⋅등기일부터 3년의 유예기간이 경과한 이상 쟁점 추징사유에 근거하여 취득세 등을 부과할 수 없다고 판단한 사례 https://casenote.kr/대법원/2021두58059   

종합부동산세

• [1세대 1주택자에 해당함을 이유로 한 종합부동산세부과처분의 취소청구가 기각된 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두33779 원고는 아파트 1채, 그 배우자는 지방 저가주택 1채를 소유하고 있는데, 과세관청인 피고는 원고가 1세대 1주택자가 아님을 전제로 종합부동산세를 부과하였고, 이에 원고가 그 종합부동산세 부과처분의 취소를 구한 사안임. 원심은, 원고가 주택을 소유하고 그 배우자가 지방 저가주택을 소유한 경우에는 구 종합부동산세법 제8조 제4항 제4호에서 정한 ‘1세대 1주택자’에 해당하지 않는다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 구 종합부동산세법 제8조 제4항 제4호는 ‘세대원 중 1명만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택만을 소유한 경우로서 그 주택을 소유한 자가 지방 저가주택을 함께 소유하고 있는 경우’를 의미한다고 보는 것이 타당하므로 원고가 구 종합부동산세법 제8조 제4항 제4호에서 정한 ‘1세대 1주택자’에 해당하지 않는다고 보아, 원심을 수긍하여 상고를 기각함

소득세법

• [횡령금의 몰수ㆍ추징 및 피해법인 환부는 소득처분으로 성립한 귀속자의 소득세 납세의무에 관하여 구 국세기본법 제45조의2 제2항 등에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다고 본 사례] https://casenote.kr/대법원/2025두34152 원고가 실질적으로 경영하던 회사들의 돈을 횡령한 것과 관련하여 과세관청이 소득처분을 함으로써 원고에게 소득세 납세의무가 성립하였는데, 원고가 업무상 횡령 범행으로 기소된 관련 형사재판에서 부패재산몰수법에 따라 횡령금 상당액을 추징하는 내용의 유죄판결이 확정되고 추징금의 납부 및 피해법인에의 환부가 이루어진 후 그러한 추징 및 환부가 소득세 납세의무에 관한 후발적 경정청구사유에 해당한다고 주장하면서 경정청구를 하였으나 피고가 이를 거부하자, 피고를 상대로 위 거부처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 부패재산몰수법에 의한 횡령금의 몰수ㆍ추징 및 피해법인 환부는 소득처분으로 성립한 귀속자의 소득세 납세의무에 관하여 구 국세기본법 제45조의2 제2항 등에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다는 이유로, 피고의 거부처분이 적법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함
• [복지포인트가 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)상 근로소득에 해당하는지 여부가 문제된 사건] https://casenote.kr/대법원/2024두34122 선택적 복지제도를 실시하면서 소속 임직원들에게 배정한 복지포인트가 구 소득세법 제20조 제1항의 근로소득에 해당하는지 여부(적극)
• [부동산 양도인의 동생이 대표자 겸 최대주주 지위에서 운영하는 회사가 구 소득세법 제101조 제1항의 양도소득 부당행위계산 부인과 관련한 ‘본인의 특수관계인’에 해당하는지 여부가 문제된 사건] 원고는 원고의 친동생이 최대주주(51%) 겸 대표자로서 지배⋅운영하는 회사에 부동산을 저가 양도하고 양도소득세를 신고⋅납부하였는데, 과세관청인 피고가 특수관계인 간의 저가양도 거래로서 구 소득세법 제101조 제1항의 부당행위계산 부인 적용대상이라고 보아 양도소득세를 증액경정⋅고지하자, 원고는 피고를 상대로 그 처분의 취소를 청구함. 원심은, 본인과 구 국세기본법 시행령상의 친족관계에 있는 자가 주주로서 해당 법인 발행주식총수의 100분의 30 이상을 출자한 경우에는 본인이 해당 법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 보아야 한다고 전제한 다음, 해당 법인은 원고의 동생 부부가 발행주식총수 전부를 출자한 법인이라는 이유만으로 원고와의 관계에서 구 국세기본법 시행령 제1조의2에서 정한 특수관계인에 해당한다고 보아 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였음. 대법원은 ① 원심의 판단 중 본인이 반드시 직접 법인에 출자하지 않더라도 해당 법인을 경영지배관계로 인한 본인의 특수관계인으로 인정할 수 있다고 전제한 부분은 정당하다고 판단하였으나, ② 원심의 판단 중 친족관계자가 해당 법인 발행주식총수의 100분의 30 이상을 출자하였다는 사유만으로 해당 법인이 곧바로 본인의 특수관계인으로 인정된다는 부분은, 친족관계에 있는 자가 주주로서 해당 법인 발행주식총수의 100분의 30 이상을 직접 출자한 경우에는 구 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제1호 (가)목에 따라 해당 법인의 경영에 대한 친족관계자의 지배적인 영향력 행사를 인정할 수 있을 뿐, 그러한 사정만으로 곧바로 본인이 친족관계자를 통하여 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다고까지 인정하기는 어렵고, 이에 대해서는 과세관청이 별도로 증명하여야 한다고 보아, 이와 달리 본 원심을 파기․환송함 https://casenote.kr/대법원/2022두63386

국제조세

• [구 국제조세조정에 관한 법률에 따른 정상가격 과세조정 시 거래순이익률방법에 의한 정상가격 산출이 합리적으로 이루어졌다고 판단한 사례] https://casenote.kr/대법원/2024두54065 ☞  다국적기업의 국내 자회사인 원고가 국외특수관계인들로부터 소형가전, 의료장비 등 물품을 매입하여 국내시장에 이를 판매하였는데, 원고가 국외특수관계인들로부터 위 물품들을 정상가격보다 고가로 매입하였다고 본 피고가 거래가격과 정상가격의 차액을 익금에 산입하여 법인세를 증액경정하자(이하 ‘이 사건 처분’), 원고가 피고를 상대로 이 사건 처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 의료장비 사업 부문과 관련하여 피고가 조정 대상 국제거래인 원고와 국외특수관계인들 사이의 ‘의료장비 공급 거래’ 및 ‘유지보수서비스 지원 거래’에 관하여 각 구체적인 비교가능성 평가 과정을 거쳤다고 볼 근거가 부족하고, 소형가전 사업 부문과 관련하여 원고는 피고가 선정한 비교대상업체들과 달리 완전판매업자라고 단정하기 어렵다는 등의 이유로, 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 소형가전 사업 부문에 관하여는 원심을 수긍하면서도, 의료장비 사업 부문에 관하여는 원고와 국외특수관계인들 사이에 의료장비 공급 거래와 별도로 독립적인 ‘유지보수서비스 지원 거래’가 존재하였다고 보기 어려우며, 피고는 원고와 비슷한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다고 볼 여지가 충분하다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
• [국내 미등록 특허권에 관한 것이라도 국내원천소득이라고 볼 수 있다고 판단한 사례] https://casenote.kr/대법원/2021두59908 국내 반도체 회사인 원고는 미국에서 미국법인으로부터 특허침해소송을 제기당한 후, 2013년 미국법인과 그 소송을 종료하고 미국법인이 보유한 미국 등록 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’)에 관한 라이선스를 허여받는 내용의 특허권 라이선스 및 화해 계약(이하 ‘이 사건 계약’)을 체결하였음. 원고는 이 사건 계약에 따라 미국법인에게 사용료(로열티, 이하 ‘이 사건 사용료’)를 지급하면서 과세관청인 피고에게 원천징수분 법인세를 납부하였음. 그 후 원고는 이 사건 사용료가 국외에만 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 이른바 ‘국내 미등록 특허권’에 대한 것이므로 국내원천소득이 아니라는 종전 판례 법리(대법원 2012두18356 판결 등)를 근거로 피고에게 납부한 원천징수분 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고가 이를 거부하자 그 거부처분의 취소를 청구함. 원심은, 특허권 속지주의 원칙상 특허권은 등록된 국가 영역 외에서는 침해될 수 없어 이를 사용하거나 그 사용대가를 지급한다는 것을 애초에 상정할 수 없다는 종전 판례(대법원 2012두18356 판결 등)에 따라 이 사건 사용료는 국내 미등록 특허권에 관한 것으로서 국내원천소득이라고 볼 수 없다고 판단하였음(원고 승). 대법원은 전원합의체 판결을 통하여, ‘특허의 사용’이라는 용어는 한미조세협약에 정의되지 않은 용어이므로 협약 제2조 제2항 전문에 따라 국내법인 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따라 그 의미를 해석하여야 하고, 달리 한미조세협약상 위와 같이 국내법에 따른 해석을 배제할 만한 문맥을 찾을 수 없다고 보면서, 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따르면 결국 한미조세협약상 ‘특허의 사용’은 특허권 자체의 사용이 아니라 특허기술을 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용하는 것을 의미한다고 판단하고, 이 견해에 배치되는 종전 판례를 변경하면서, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함

조세특례제한법

• [금융기관이 소프트웨어 개발업자에게 전산시스템의 개발을 위탁하고 지급한 비용이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’)상 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부가 문제된 사건] https://casenote.kr/대법원/2021두55203 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부(소극)

절차

• [제2차 납세의무자가 과세예고통지 절차의 흠결을 이유로 과세처분의 취소를 구했으나 기각된 사례] https://casenote.kr/대법원/2024두47074 원고가 체납법인의 과점주주로서 제2차 납세의무자에 해당함을 이유로 체납법인이 체납한 법인세, 부가가치세 등을 부과받자(이하 ‘이 사건 처분’) 그 처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, 제2차 납세의무자에 대한 납부고지에 앞서서도 과세예고통지가 이루어져야 하는데, 이러한 절차 없이 이루어진 이 사건 처분에는 중대한 절차적 하자가 존재하여 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였음. 대법원은 주된 납세의무자 외에 제2차 납세의무자에게 과세예고통지가 별도로 이루어져야 한다고 볼 수 없다는 이유로, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함  
• [원천징수의무를 이행하지 않았다는 이유로 납부고지를 받은 자가 고지된 세액을 납부하였다가 그 납부금 상당의 부당이득 반환을 청구하였으나 절차 미비를 이유로 기각된 사례] https://casenote.kr/대법원/2025다211104 금융기관인 원고가 출연자와 예금명의자가 다른 차명계좌(이하 ‘이 사건 계좌’)에 대하여 금융실명법 제5조에 의한 원천징수의무를 이행하지 않았다는 이유로, 과세관청으로부터 납부고지(이하 ‘이 사건 처분’)를 받은 후 고지된 금액을 납부하였다가 이 사건 처분에 대한 항고소송을 제기하지 않은 채 곧바로 그 납부금 상당의 부당이득 반환을 구하는 민사소송을 제기한 사안임. 원심은, 이 사건 계좌에 예치된 이자 등이 금융실명법 제5조에 의한 원천징수대상에 해당하지 않고, 원천징수대상이 아닌 소득에 대하여 국가가 세액을 징수한 경우에는 이를 납부받는 순간 곧바로 부당이득이 된다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 이 사건 계좌에 예치된 이자 등이 금융실명법 제5조에 의한 원천징수대상이 아니라고 본 원심의 판단은 정당하나, 원고가 세무서장의 납부고지(징수처분)를 받고 이에 별도로 불복하지 않은 채 고지된 세액을 납부하였다면 그 납부고지에 중대ㆍ명백한 하자가 없는 한 곧바로 그 납부금 상당의 부당이득을 구하는 민사소송을 제기할 수 없으므로, 원심으로서는 이 사건 처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 이르는지에 관하여 심리하였어야 한다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
• [세무조사와 과세예고통지 등에 관한 절차적 하자를 이유로 종합소득세 부과처분을 취소한 사례] https://casenote.kr/대법원/2024두63830 조사청이 건설회사 대표인 A에 대한 세무조사 과정에서 A와 금전거래가 있는 원고에 대한 질문조사를 실시한 후, 과세관청인 피고가 A의 개인사업장이 지출하였다는 컨설팅 수수료 등을 원고에게 귀속된 기타소득에 해당한다고 보고 2014년 귀속 종합소득세를 경정ㆍ고지하였는데(이하 ‘이 사건 처분’), 원고가 그 처분의 취소를 청구한 사안임. 원심은, ➀ 원고에 대한 질문조사를 한 것은 A에 대한 세무조사에 그칠 뿐 원고 자체에 대한 세무조사에 해당하지 않고, 설령 세무조사에 해당하더라도 원고에게 사전통지와 결과통지를 하지 않은 절차상 하자로 인해 이 사건 처분이 위법해진다고 보기 어렵고, ➁ 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있도록 정한 예외사유에 해당할 때에는 과세예고통지를 생략하고 과세처분을 하였더라도 위법하다고 볼 수 없다고 전제한 다음, 이 사건에서 과세예고통지가 없었다 하더라도 그 자체만으로 이 사건 처분이 위법해진다고 보기 어렵다고 판단하였음. 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, ➀ 원고에 대한 질문조사권 행사가 애당초 A에 대한 세무조사의 일환으로 이루어진 것이기는 하나 세무조사 진행 중 원고를 대상으로 원고의 금원 사용처, 원고의 종합소득세 신고 누락 경위, 종합소득세 회피 목적에 대해서까지 질문조사권이 행사되어 원고를 대상으로 과세처분을 하겠다는 의도가 구체적으로 드러난 점, 원고가 부담한 수인의무가 A에 대한 과세요건 사실 확인 수준을 훨씬 초과할 정도로 확대되었고 원고가 누리는 영업의 자유 및 사생활의 자유 등이 침해될 가능성 또한 증가하여 원고에게 절차적 권리가 별도로 보장되었어야 하는 점 등에 비추어 원심이 제시한 사정만으로 원고가 세무조사 과정에서 절차적 권리를 제대로 보장받지 못한 것이 이 사건 처분을 위법하게 만드는 사유가 아니라고 단정할 수 없고, ➁ 원심은 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있도록 정한 예외사유에 해당할 때에는 과세예고통지를 생략하고 과세처분을 하였더라도 그 자체만으로 위법하다고 볼 수 없다는 잘못된 전제에서, 피고에게 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간의 만료일이 매우 임박하게 되어 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거의 없고 과세예고통지를 생략하더라도 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 존재하는지를 제대로 살피지 않았다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
• (압류의 효력) 원고가 체납 주민세를 납부한 후, 해당 주민세채권이 이미 시효완성으로 소멸하였다고 주장하면서 그 주민세 납부액 상당의 부당이득을 청구함. 원고는 피고측이 체납 주민세를 징수하기 위하여 원고의 보험료반환청구권을 압류하였기는 하나, 피고가 원고에게 부과․고지된 주민세를 결손처분한 뒤 그 결손처분에 대한 취소절차 없이 압류를 하였으므로 그 압류가 무효라고 주장하였지만 받아들여지지 않은 사례 https://casenote.kr/대법원/2021다301688